Die nach dem Brand von 1633 erneuerte Hofkirche erhielt neben der grossen Orgel auf der Westempore sofort auch zwei spiegelbildlich angeordnete Chororgeln. Um 1840 waren diese zwei Instrumente in schlechtem Zustand und kaum mehr spielbar. Der damalige Stiftsorganist und Kaplan Fridolin Stutz ersuchte deshalb die Stadt Luzern, welche damals zuständig war, wenigstens eine dieser Orgeln wieder in brauchbaren Stand setzen zu lassen. Im Einvernehmen mit Fachleuten beschloss der Stadtrat jedoch, auf eine Reparatur zu verzichten, dafür aber auf der linken Seite eine einzige, völlig neue und grössere Orgel anzuschaffen. Die beiden bisherigen Chororgeln wurden verkauft: die eine kam nach Greppen zu stehen, die andere nach Isenthal.

Am 25. April 1842 wurde der Vertrag mit Orgelbauer Thomas Silvester Walpen (1802-1857) genehmigt. Dieser letzte im Beruf tätige Spross der bekannten Walliser Orgelbauerfamilie war seit etwa 1835 in Luzern ansässig. Gemäss Vertrag hatte Walpen eine zweimanualige Orgel mit 24 klingenden Registern zu liefern. Der Preis betrug 4920 Schweizer Franken, als Liefertermin wurde der 1. Juli 1843 festgesetzt.

Die Arbeiten dauerten dann aber wesentlich länger und kamen erst im Februar 1844 zum Abschluss. Walpen hatte von sich aus noch vier weitere Register eingebaut. Das Werk wurde nach einer genauen fachtechnischen Prüfung abgenommen, und Walpen erhielt vom Stadtrat nicht nur eine Gratifikation von 300 Franken, sondern auch ein schriftliches Zeugnis mit einer wohlwollenden Weiterempfehlung. Schon bald war man indessen mit dem Standort der Orgel unmittelbar über dem Mariä End - Altar nicht mehr zufrieden. Nach einigem Hin und Her wurde Walpen vom Stadtrat beauftragt, die Orgel zurückzuschieben und etwa in der Emporenmitte neu aufzubauen. Diese Arbeiten dauerten, mit Unterbrüchen, beinahe zwei Jahre und wurden erst im Oktober 1853 vollendet. Das Abnahmegutachten von P. Leopold Nägeli lautete wiederum sehr günstig. In der Folgezeit blieb das Werk weitgehend unverändert bis zum Kriegsjahr 1940. Damals erfolgte ein tiefgreifender Umbau durch die Luzerner Firma Orgelbau Cäcilia (Alfred Frey). Die Einweihung des wenig glücklich erneuerten Instrumentes erfolgte am 23. Februar 1941.

Bereits beim Umbau der Grossen Orgel im Jahre 1977 wurden Gedanken laut, die Walpen-Orgel fachgerecht zu restaurieren. Aus Finanzierungsgründen wurde dieses Vorhaben aber immer wieder zurückgestellt, so auch bei der letzten Innenrenovation der Kirche in den Jahren 2000/2001. Deshalb griff die Vereinigung der "Hofgeissen”, der ehemaligen Zöglinge der 1966 aufgelösten Hofschule, die Idee auf und setzte sich zum Ziel, die Restaurierung der Walpen-Orgel zu ermöglichen. Unter der rührigen Leitung von Alois N. Eichmann, Präsident des Vereins “Komitee Walpenorgel St. Leodegar im Hof” brachte dieser "muthwillige verstandeslose Schwarm der Hofgeissen”, wie sich Silvester Walpen einstmals beschwert hatte, die nötigen Mittel zusammen. Die Restaurierung des Werkes besorgte die Orgelbaufirma Kuhn in Männedorf-Zürich, die Gehäusefassung wurde der Luzerner Firma Georges Eckert anvertraut. Am 22. November 2003 konnte die in neuem Glanz erstandene und wieder an den ursprünglichen Standort zurückversetzte Chororgel feierlich eingeweiht werden.

Friedrich Jakob